本作の舞台は、海の中や不思議な空間に広がる美味しいお寿司の楽園「おすしのくに」です。島全体が寿司屋のカウンターや和の情緒あふれる街並みで構成されており、訪れた人々にお寿司を振る舞う活気に満ちた世界が描かれます。
物語の発端は、おすしのくにの噂を聞きつけたばいきんまんとドキンちゃんが、美味しいお寿司を独り占めしようと企むところから始まります。正面から乗り込むのではなく、ばいきんまんは得意の「変装」を駆使してお客さんや寿司職人に化け、厨房や客席へと巧みに潜入します。
職人気質の「おすしのくにの大将」や寿司の仲間たちが心を込めて握ったお寿司を次々と平らげ、ついにはおすしのくに全体を混乱に陥れるばいきんまん。そこへパトロール中のアンパンマンが駆けつけます。ばいきんまんは巨大なメカや悪巧みで対抗し、アンパンマンの顔を汚してピンチに追い込みますが、駆けつけた仲間たちの機転と新しい顔の交換によって形勢は逆転。アンパンチで見事にばいきんまんを撃退し、最後はみんなで笑顔でお寿司を囲むという、安心感に満ちた大団円を迎えます。
