近年定着した御朱印巡りや縁起物の取り扱いにおいても、知っておくべき明確なルールがあります。
御朱印帳は神社とお寺で分けるべきかという問いに対して、結論から言えば「最初から1冊ずつ分けて持つこと」が最も安全かつ賢明な選択です。現代の多くの寺社は混在していても柔軟に墨書・押印してくれますが、歴史的な経緯や信仰上の厳格な方針から、浄土真宗の一部や日蓮宗などの寺院、または格式の高い一部の神社において「神社（または他宗派）の御朱印が混ざっている帳面には記帳できない」と断られる事例が現実に報告されています。現地で断られて気まずい思いをしないためにも、神社用と寺院用でそれぞれ専用の帳面を用意するのがマナーです。
また、おみくじやお守りの返納方法の違いにも配慮が必要です。授与品（お守りや御札）は単なる記念品ではなく、神仏の御分霊や加護が宿る依代（よりしろ）です。1年間の役目を終えた授与品を納める際は、以下の原則を遵守しなければなりません。
- 同系列への返納が原則：神社で授かったお守りは神社の「古札納め所」へ、お寺で授かったお守りはお寺の納所へ納めます。神社の納札所にお寺の木札を入れたり、お寺の納所にお札や注連縄を投げ入れるのは厳に慎むべき行為です。
- 遠方で返納が困難な場合：旅先などで受けた授与品を再訪して返すのが難しい場合、近隣の神社（同じ神社本庁系）やお寺（可能であれば同じ宗派の寺院）へ事情を伝えて納めるか、郵送での返納を受け付けている寺社へ連絡の上で送付するのが誠意ある対応です。
