今日のJAならけんを深く理解するためには、その成り立ちと組織構造の特異性を知る必要があります。JAならけん 組織概要・役員の開示情報によると、同組合は1999年（平成11年）4月に奈良県下42の農協が大同団結して誕生した、全国でも類を見ない「1県1JA（単一県域農協）」のパイオニアです。
奈良県全域をひとつの巨大農協でカバーすることにより、スケールメリットを生かしたスケール拡大、農産物のブランド化（大和野菜や富有柿など）、広域的な金融・共済ネットワークの構築を実現してきました。本店の役員体制には、県内各地区の代表理事や農業指導の重鎮が名を連ね、地域の声を集約する仕組みが採られています。
しかし、その巨大さゆえの組織課題も過去には表面化しました。JAならけん ニュース 経緯を振り返ると、過去には一部支店における職員の不正流用問題や、融資管理の不透明さが監督官庁から指摘され、業務改善計画の策定を余儀なくされた時期がありました。また、理事の選任や運営方針をめぐる内部の議論が地元紙等で大きく報じられた経緯もあります。
こうした課題を受け、JAならけんは近年、コンプライアンス統括室の強化、内部監査体制の独立性担保、外部有識者を招聘したガバナンス改革を精力的に断行してきました。過去の教訓を風化させることなく、情報開示の透明性を高めたことが、現在の地域社会における揺るぎない信頼回復へと結びついています。
