日生学園での学園生活は、一般的な高校生活とは根本的にかけ離れた「準軍隊的規律」に支配されていました。テレビやラジオ、外部の情報は一切遮断され、新聞の閲覧や私物の菓子類の持ち込みも厳しく禁止されていました。
日生学園の象徴として今なお語り草となっているのが、早朝から行われる素手でのトイレ掃除（心行・しんぎょう）です。生徒たちは洗剤やブラシを使うことを許されず、冷たい水と素手だけを用いて、便器の黄ばみや汚れを汗だくになりながら擦り落とすことを義務付けられました。創始者の教育理念では「汚れを嫌がる我が身の傲慢さを削ぎ落とす修養」と位置づけられていましたが、十代の少年たちにとっては精神を極限まで摩耗させる苦行そのものでした。
生徒たちの一日は午前4時30分の起床ラッパとともに始まり、全員が一斉に飛び起きて寝具をミリ単位で整頓。その後、全員で校歌や学園訓を絶叫しながら全力疾走するマラソンや、集団での全力清掃が行われました。私語は一切厳禁、上級生の命令は絶対であり、わずかな規律違反や整列の乱れに対しても容赦のない体罰や連帯責任が科される過酷を極めた環境でした。
