六代目山口組の組織構造は、頂点に立つ司忍（篠田建市）組長と、組織の実務および統制を一手に担う高山清司若頭の二頭体制によって強固に維持されています。かつて全国に約100人存在した「直参（直系組長）」は、引退や組織統合を経て約40〜50人規模までスリム化が進められました。
ピラミッド型組織の中枢を占めるのは、高山若頭の出身母体である「三代目弘道会」（竹内照明会長）です。執行部人事の多くを弘道会系およびその友好団体が占めており、組織内の意思決定スピードと統率力は極めて高いレベルで一元化されています。
最高幹部（執行部）の主な布陣は以下の役職で構成され、厳格な序列と職務分掌が敷かれています。
- 組長：司忍（篠田建市）
- 若頭：高山清司（三代目弘道会総裁）
- 統括委員長：橋本弘文の引退後、実務派の重鎮組長が補佐役を担当
- 本部長：森尾卯太男（大同会会長）
- 若頭補佐：竹内照明（三代目弘道会会長）、薄葉政嘉（十一代平和会会長）をはじめとする有力2次団体トップ
直参組長名簿の顔ぶれを見ると、関西・中部・関東・九州・東北など全国主要拠点に配置された2次団体の組長が名を連ねています。しかし、警察の集中取り締まりによるトップの相次ぐ逮捕・起訴、さらには活動資金（シノギ）の先細りに伴う上納金（会費）負担の重縮から、直系組織の看板を返上して傘下に合流する動きが定着しています。
