不正の露見と同時に、藤村新一を取り巻く環境は修羅場と化しました。全国的な大バッシングとマスコミの過熱取材に晒された藤村は精神的に極限まで追い詰められ、宮城県内の精神科病院に緊急入院することになります。
入院生活の最中、世間を戦慄させる事件が起きます。報道関係者の取材データによると、2001年11月、藤村は入院先の病院から一時帰宅した際、または敷地内において、斧（またはナタのような刃物）を用いて自らの右手人差し指と中指を切断しました。これが今なお語り継がれる藤村新一の指切断の経緯です。石器を地中に埋め、自らを偽りの栄光へと押し上げた「神の手」に対する自罰的な怒りと絶望から発作的に及んだ自傷行為とされています。
救急搬送されたものの、切断された指の再接合は叶いませんでした。精神的な崩壊と重い後遺症を残した彼を待っていたのは、家族関係の断絶でした。当時の妻とは協議離婚が成立。子どもたちとも離別を余儀なくされ、藤村新一の家族とその後の人生は完全に瓦解しました。名声の頂点から一転、家族、社会的信用、そして自らの肉体の一部までも失うという過酷な代償を支払うことになったのです。
