両者の最大の違いは、「原料の由来」と「体内へ吸収されるスピード」にあります。まずホエイプロテインは牛乳を原料とする動物性タンパク質で、ヨーグルトの上澄み液（乳清）から抽出されます。一方のソイプロテインは、大豆を原料とした植物性タンパク質です。
プロテインの吸収速度を比較すると、その差は歴然としています。ホエイプロテインが摂取後およそ1時間から2時間でスピーディーに血中アミノ酸濃度を高めるのに対し、ソイプロテインは約5時間から7時間かけてゆっくりと穏やかに吸収されます。このタイムラグこそが、それぞれの得意分野を分ける決定的な要素です。
また、アミノ酸スコア自体はどちらも最高値の「100」を誇りますが、含まれるアミノ酸の構成比率が異なります。ホエイは筋肉の合成シグナルを促す「BCAA（特にロイシン）」が豊富に含まれており、ソイは健康維持や血流サポートに関わる「アルギニン」や抗酸化作用を持つ大豆イソフラボンを多く含んでいます。
