過酷な6年間を終えた卒業生は、所沢の防衛医科大学校病院での初期臨床研修を経て、自衛隊中央病院（東京都世田谷区）や全国各地の自衛隊病院、各部隊の医務室へと配属されていく。潜水医学や航空宇宙医学、銃創・爆傷治療など、一般の民間病院では決して経験できない特殊医療の知見を蓄積できる点は防衛医大出身者ならではの強みだ。
一方で、出願前に絶対に覚悟しておくべき制度が「9年間の勤務義務（通称：9年縛り）」である。卒業後9年以内に自己都合で自衛隊を退職する場合、国から免除されていた学費や手当相当額を返還しなければならない。その返還金額は最高で約4,000万円から5,000万円前後にのぼる。人生の20代から30代前半という貴重なキャリア形成期を国のために捧げる覚悟がなければ、この重い契約は人生の大きな足かせとなる。
