愛好家の間でも度々議論を呼ぶのが、「神社用とお寺用で帳面を分けるべきなのか」という疑問です。ルール上は混ざっていても問題ないとされる寺社が大半ですが、専門家や熱心な参拝者の多くは神社とお寺で御朱印帳を分ける理由として、日本独特の信仰史と現場の摩擦回避を挙げます。
明治時代初頭に下された「神仏分離令」以前、日本には神と仏を融合して祀る「神仏習合」の文化が長く根付いていました。しかし近代以降、神社（神道）と寺院（仏教）は明確に区別されるようになり、教理や死生観も異なります。現在でも極めて格式の高い一部の古刹（寺院）や神社では、「神仏混淆の御朱印帳には記帳をお断りする」という明確な方針を掲げている場所が存在するのが偽らざる実情です。
遠方まで足を運び、楽しみにしていた直書きの依頼を断られてしまうのは参拝者にとっても寺社にとっても悲しい出来事です。無用なトラブルを防ぎ、神職や僧侶に気持ちよく筆を振るってもらうためにも、表紙の色やデザインを変えて神社用とお寺用の2冊を用意するのが、スマートな大人の参拝嗜みと言えます。
