「特急こうのとりの予約はいつから可能なのか」という点ですが、全国のJR特急と同様に乗車日1ヶ月前の午前10時00分から発売が開始されます。大型連休やお盆、年末年始、カニ漁が解禁される冬場の週末などは、城崎温泉方面行きの便が一気に埋まりやすいため、スケジュールが決まり次第の早期確保が推奨されます。
一方、出張や突発的なお出かけで「当日に乗りたい」という場合でも心配はいりません。e5489の予約画面を開けば、当日の空席状況をリアルタイムで確認し、発車時刻の直前（乗車駅発車時刻の2分前まで）まで座席を購入できます。新大阪駅の混雑した券売機に並ぶことなく、改札へ向かうエスカレーターの中で座席を押さえるといった機動的な使い方が可能です。
