新宿シアターモリエールの基本キャパシティ（最大収容人数）は186席です。公演の演出プランや舞台セットの規模、客席最前列の配置によって可変となり、一般的な演劇や単独ライブでは150席から180席前後で運用されるケースが多く見られます。
客席エリアは大きく「前方フラットエリア」と「中後方段差エリア（ひな壇）」の2つのゾーンに分かれています。舞台床面と客席最前列（A列付近）の高さの差が極めて小さいため、ステージと客席の境界線を感じさせない独特の濃密な一体感が生まれる設計です。
座席配置は中央に通路を挟む、あるいは左右にブロックを分けるレイアウトが採用され、どの位置からでもステージ中央への視線が大きく遮られないよう配慮されています。横幅約7メートル、奥行き約5メートル前後のコンパクトなステージ設計であるため、最後列に座った場合でも舞台までの直線距離はおよそ10メートル前後に収まり、演者の微細な表情の変化や指先の動きまで肉眼で鮮明に捉えられます。
