完結編公開直後からネット上で爆発的に拡散されたのが、「真希波・マリのモデルは庵野秀明監督の妻である漫画家・安野モヨコ氏ではないか」という推測でした。オタク青年のシンジ（＝庵野監督）を現実に連れ出したモヨコ夫人という構図は、一見すると説得力のある美談として受容されがちでした。
しかし、安野モヨコ マリ モデル説の真相は、公式によって明確に否定されています。2021年、スタジオカラー公式Twitter（現X）および安野モヨコ氏本人は、「マリのモデルが安野モヨコであるという憶測は事実無根である」旨の異例の公式声明を発表しました。制作現場のドキュメンタリーや公式インタビュー記録によれば、マリの台詞やパーソナリティの造形は、庵野監督自身の手ではなく、主に鶴巻和哉監督が主導して構築されたものです。
庵野監督は「自分の中にある要素だけで作ると、これまでのエヴァと同じになってしまう」という危機感から、あえてマリの描写を他スタッフに委ね、「自分には理解できない異質なキャラクター」として配置し続けました。したがって、マリを私小説的な配偶者の投影とみなす見解は、制作陣が徹底して追求した「物語の脱構築」という批評的営為を過小評価する誤謬に他なりません。
