進学先を私立高校に決定する際、多くの家庭が直面するのが経済的負担の現実です。瀬戸内高校の学費は、広島県内の私立共学校の平均的な水準に位置しています。
初年度に必要な入学金は約20万円、年間授業料および教育充実費、PTA会費などを合算すると年間約45万〜55万円程度が標準的な納入額となります。ただし、国による「高等学校等就学支援金制度」および広島県独自の私立高校授業料軽減助成金を活用することで、世帯年収に応じた大幅な授業料減免が受けられます。年収目安が約590万円未満の世帯であれば実質無償化の対象となり、公立高校との学費格差は年々縮小しています。
注意すべき盲点となるのは、部活動所属に伴う諸経費です。サッカー部や野球部などの強化指定クラブに所属する場合、指定ジャージや遠征費、合宿費、保護者会費などが別途発生します。全国大会や県外遠征が頻繁にあるトップチームでは、年間数十万円規模の遠征費負担が生じるケースもあるため、スポーツ進学を検討する家庭は事前の試算が不可欠です。学園側も特待生制度（学力特待・スポーツ特待）を用意しており、入学金免除や授業料免除の枠組みが用意されています。
