名古屋アンパンマンミュージアムを訪れる保護者が最も見落としがちなのが、「ベビーカー利用制限」と「屋外主体の施設レイアウト」という構造上の注意点です。
パーク内は、小さな子どもたちが安全に駆け回れるよう、入場ゲート横の大型ベビーカー置き場にベビーカーを預けるシステムが導入されています。園内にベビーカーを持ち込んで移動することは原則としてできません。そのため、まだ歩行が不安定な1歳前後の子どもや、お昼寝をしてしまう可能性が高い月齢の幼児を連れていく場合は、ヒップシートや抱っこ紐を持参しないと親の腕と腰に甚大な負担がかかります。
また、雨天時の立ち回りにも注意が必要です。横浜のような完全屋内型施設とは異なり、名古屋は中央に大きな広場を配したオープンエア構造です。「ミュージアム館」や「虹のピラミッド」、「うみとおそらのボールパーク」など主要な遊び場には屋根が架かっているものの、エリア間の移動には雨具が必要となります。雨天時はウッドステージでの大型ショーが屋内「やなせたかし劇場」での縮小開催に変更される場合があり、鑑賞人数が制限されるため、雨の日は入場後すぐに劇場の上演スケジュールを確認し、整理券や待機列の動向を掴むことが肝要です。
なお、当日の再入場は可能です。出口で手の甲に専用スタンプを押してもらうことで、隣接するナガシマスパーランドのメインゲート周辺や「ジャズドリーム長島」へ一時退出できます。途中でアウトレットへ移動してランチをとったり、車に荷物を取りに戻ったりする柔軟なスケジュールが組める点は大きなメリットです。