寄附を完了した後の申告手続きにおいて「源泉徴収票の原本を提出しなければならないのか」という点も非常によくある疑問です。結論から言うと、選択する手続き方式によって書類の扱いが異なります。
1. ワンストップ特例制度を利用する場合
寄附先が5自治体以内で、確定申告を行う必要のない会社員が利用できるワンストップ特例制度。この手続きにおけるワンストップ特例制度必要書類は以下のとおりです。
- 申告特例申請書（自治体から郵送されるか、Webからダウンロードしたもの）
- 本人確認書類（マイナンバーカードの両面コピー、または通知カード＋運転免許証等の身元確認書類）
ワンストップ特例の申請書類に、源泉徴収票を添付する必要は一切ありません。源泉徴収票はあくまで「寄附上限額を計算するための参考資料」として本人が確認するだけで完結します。
2. 確定申告を行う場合
6自治体以上に寄附した人や、自営業者、医療費控除・住宅ローン控除（1年目）などを併せて申告する人は確定申告を行います。かつてはふるさと納税確定申告添付書類として源泉徴収票の原本添付が義務付けられていましたが、税制改正に伴い現在は源泉徴収票の提出・添付が完全に不要となっています。
ただし、税務署への書類提出は不要でも、確定申告書を作成する画面（国税庁の確定申告書作成コーナーなど）で、源泉徴収票に記載された「支払金額」「給与所得控除後の金額」「源泉徴収税額」などの数値を正確に入力する必要があります。したがって、手元に書類実物を保管しておくことは不可欠です。
申告手続きを正しく済ませると、ふるさと納税住民税控除いつ反映されるのかという点について、寄附の翌年5月〜6月頃に勤務先から配布される「給与所得等に係る市民税・県民税 特別徴収税額の決定通知書」にて確認できます。「税額控除額」の欄にふるさと納税の控除額が合算されて記載されており、6月支給分の給与から翌年5月までの住民税が毎月減額される仕組みです。
