医療現場において深刻な問題となったのが、咳止め薬全般にわたる「供給不足（出荷調整）」です。呼吸器感染症の波状的な流行に伴い、鎮咳薬の需要が急増した一方で、製薬工場の製造能力上限や不祥事による後発品メーカーの供給停止が連鎖し、一時は調剤薬局でメジコンの在庫が払底する事態が全国で相次ぎました。
日本医師会や厚生労働省の要請を受け、国内製薬各社は2026年から2026年にかけて増産体制を敷いてきましたが、2026年現在も感染症の流行ピーク期には局所的な品薄が散見されます。この影響から、臨床現場では以下のような柔軟な処方シフトが定着しています。
「処方箋通りにメジコンが出せない場合、同効薬であるペントキシベリンクエン酸塩やチペピジンヒベンズ酸塩、あるいは漢方薬の麦門冬湯（ばくもんどうとう）などへ切り替えるケースが定常化しています。症状のタイプ（痰の有無やアレルギー素因）を見極めた適正処方がこれまで以上に求められています。」（都内調剤薬局・管理薬剤師の証言）
