この複雑な貨幣流通を裏で統制していたのが、幕府公認の鋳造機関である「金座」と「銀座」です。金座は江戸（現在の日本銀行本店所在地周辺）に置かれ、小判や分金の後藤家による鋳造を厳格に管理していました。一方、銀座は当初駿府や京都、後に江戸（現在の東京都中央区銀座）に置かれ、丁銀や豆板銀の鋳造を担いました。
地域によって通貨の好みが分かれていた点も特徴的です。「江戸の金遣い、上方（大坂・京都）の銀遣い」と呼ばれ、東日本では金貨による計数決済が主流だったのに対し、西日本では銀の重さを天秤で量って支払う「秤量貨幣」が長く使われました。
この金と銀、そして銅銭の交換レートは日々変動していたため、経済の要所には「両替商」が林立しました。両替商は現在の銀行と為替ディーラーを合わせたような役割を果たし、手数料を得るだけでなく預金や融資を通じて巨大な金融ネットワークを築き上げていたのです。
