ネット上の情報で最も多くの誤認を生んでいるのが、「神在月（旧暦10月・例年11月頃）の特別限定御朱印」をめぐる噂です。
神々が集う「神在祭」の期間中、全国から参拝者が殺到するため「この時期にしか手に入らない金文字や龍のイラストが入った限定御朱印があるのでは」と期待して訪れる人が大勢います。しかし取材検証の結果、出雲大社本体では神在月限定御朱印の授与は一切行っていません。神職関係者の取材記録でも明らかな通り、出雲大社は千数百年にわたり守り継いできた古式ゆかしい神事を最優先としており、時流に迎合したデザイン朱印を出す方針をとっていないためです。
では、なぜ「神在月の限定御朱印」という噂が一人歩きしているのでしょうか。真相は、隣接する北島国造館や、同じく出雲地方に鎮座する「万九千（まんくせん）神社」「佐太（さだ）神社」などの周辺古社が神在祭に合わせて頒布する限定御朱印と混同されているためです。ネット上のまとめブログや個人のSNS投稿でこれらの情報が混ざり合い、「出雲大社で神在祭限定朱印がもらえる」という誤解が定着してしまいました。
また、出雲大社御朱印郵送対応についても注意が必要です。「遠方で足を運べないから郵送で授与してほしい」という問い合わせが年間を通して寄せられていますが、出雲大社は御朱印の郵送授与を明確に断っています。御朱印とは「神域に自ら足を運び、神前に真摯に拝礼した証（受拝の証）」であるという大原則を堅持しているからです。お守りや祈祷の郵送申し込みとは厳格に区別されています。
