馬頭琴の演奏姿勢は、椅子に浅く腰掛け、両膝の間に共鳴胴を挟み、棹をやや左斜めに立てて構えるスタイルが基本です。
演奏法において世界的に見ても極めて特殊なのが「左手の指の使い方」です。ギターやバイオリンのように「指板（ネックの木の部分）に弦を押し付けて音程を変える」のではありません。馬頭琴には明確な指板がなく、弦の横から爪の生え際や指の関節の側面をあてがい、弦を横から押し込むようにして音高をコントロールします。
調弦（チューニング）は、一般的に内弦（太い弦）と外弦（細い弦）の間を完全4度または完全5度に合わせます。現代の標準的な調律では「F（ファ）とB♭（シ♭）」、あるいは「C（ド）とF（ファ）」に合わせるケースが多く、楽曲の調性に応じて柔軟に変更されます。
