映画『レオン』のプロットは、ニューヨークの片隅で孤独に生きるプロの暗殺者レオン（ジャン・レノ）と、機能不全家族の中で虐待を受けていた12歳の少女マチルダの宿命的な出会いから動き出します。
マチルダの家族は、麻薬取締局（DEA）の冷酷無比なノーマン・スタンスフィールド（ゲイリー・オールドマン）率いる汚職警官グループによって皆殺しにされます。偶然買い出しに出ていたことで難を逃れたマチルダは、隣人であるレオンの部屋のドアを叩き、泣きながら命を乞います。「人を殺すこと」しか知らず、牛乳と観葉植物だけを友としていたレオンは戸惑いながらも彼女を匿い、奇妙な共同生活が始まります。
自分を唯一愛してくれた最愛の4歳の弟の仇を討つため、マチルダはレオンに「殺しの技術（クリーナーの仕事）」を教えてほしいと懇願。家事や読み書きを教え合う過程で、二人は親子とも、恋人とも、魂の救済者ともつかない深い絆で結ばれていきます。
クライマックスでは、スタンスフィールドの警察部隊による容赦ない包囲網が二人を追い詰めます。レオンはダクトを使ってマチルダだけを逃がし、自らは彼女を逃がすための盾となって命を落とします。死の直前、レオンはスタンスフィールドに手榴弾のピンを預け、「マチルダからの贈り物だ」と告げて爆死。仇を討ち果たしました。
生き残ったマチルダは、レオンが生前に遺した財産を管理するトニーの元を訪れた後、かつて通っていた寄宿学校へ戻ります。映画のラストシーンで彼女は、レオンが何よりも大切にしていた「根を持たない観葉植物（アグラオネマ）」を学校の庭の土に植え替えます。「ここなら安心よ、レオン」と語りかけるその姿は、孤独に漂流していた二人の魂がようやく安住の地に根を下ろしたことを象徴する、映画史に残る切なくも美しい結末です。
