東京国際交流館は独立行政法人日本学生支援機構（JASSO）が管轄する施設であるため、都心の一等地に位置する民間貸し会議室やラグジュアリーホテル併設のコンベンションホールと比較して、非常にリーズナブルな利用料金が設定されています。
ただし、利用区分によって料金テーブルと申請要件が明確に分かれている点に注意が必要です。
公式の利用要綱によると、大学や研究機関、公的団体が主催する「国際交流・学術研究・教育振興」を主目的とする催事は優遇料金が適用されるケースが多く、予算が限られた学術団体にとって強力な選択肢となります。一方、一般企業の社内研修や営利目的の展示会・有料セミナーなどの場合は一般料金が適用されます。
予約の受付は、利用希望日の約1年前〜半年前から開始されるのが通例です。利用申請書とともに開催計画書を提出し、JASSO側の審査・承認を経て正式契約となります。人気のある秋季（学会シーズン）や春季の週末は早期に枠が埋まるため、早めのスケジュール確定が欠かせません。
