山内健司の私生活を語る上で欠かせないのが、一般女性である愛妻・知佐子さんと、2人の息子からなる温かな家族の存在です。メディアでも「超美人妻」としてしばしば言及される知佐子さんとの出会いは、まさに現代的なドラマそのものでした。
二人の縁を取り持ったのは、山内健司の無類の猫好きという一面です。もともと山内健司の愛猫たち（メインクーンなど）の写真を投稿していたInstagramアカウントを、知佐子さんがフォローしたことがきっかけでした。互いに保護猫や猫の飼育に関する話題でメッセージのやり取りを重ねるうちに意気投合し、交際へと発展。2017年2月22日、まさに「猫の日」に二人は婚姻届を提出しました。
現在の山内健司の子供と家族構成は、夫婦と2人の男の子（長男・次男）、そして大切な家族である愛猫たちという陣容です。SNSやYouTubeで時折語られるエピソードからは、毎朝の子供の送り迎えを分担し、多忙なスケジュールの合間を縫って学校行事にも積極的に参加する良き父親としての姿が伝わってきます。家庭内における山内健司の嫁の立場は非常に強く、かつて番組内で「妻の一言で大きな買い物やスケジュールの優先順位が決まる」と語っていたように、絶対的な信頼とリスペクトに基づいたパートナーシップが築かれています。
