栄養価が変わらない一方で、誰もが直面するのが「解凍時の食感の劣化」です。プレーンヨーグルトを冷凍し、そのまま室温や冷蔵庫で完全解凍すると、水っぽい透明な液体（ホエイ）と、モロモロとした豆腐のカスのような白い固形分に分かれてしまいます。このヨーグルト冷凍で分離する理由は、ヨーグルト内部の微細構造にあります。
ヨーグルトは、乳タンパク質（カゼイン）が酸によって網目状に固まり、その網目の中に水分（ホエイ）を抱え込むことで、あの滑らかなペースト状を維持しています。しかし、冷凍される過程で水分が凍って大きな氷の結晶を作ると、カゼインの網目構造が物理的に引き裂かれて破壊されます。その結果、解凍時に水分を再度抱え込むことができなくなり、外へ水分が流れ出す「離水（シネレシス）」が発生するのです。
この現象は純粋な物理変化であるため、一度壊れた網目構造を完全解凍だけで元の滑らかなヨーグルトに戻すことは科学的に不可能です。そのため、ヨーグルト冷凍の解凍方法と注意点としては、「元の滑らかな状態でスプーンですくって食べるために完全解凍する」というアプローチを避け、「凍ったままシャリシャリ感を楽しむ」「半解凍でシャーベットにする」「料理のベースとして混ぜ込む」という方針へ切り替えることが成功の鍵となります。
