危険説を払拭した上で着目すべきは、この2つの菌が掛け合わさることで生まれる「共生（シンバイオティクス的）シナジー」です。単体で食べる以上の健康恩恵が得られる生化学的理由は、菌の代謝サイクルにあります。
納豆菌は腸内へ届くと、自らオリゴ糖やビタミンB群を合成・分泌します。これらは乳酸菌やビフィズス菌にとって格好の「エサ」となる物質です。つまり、納豆菌が先遣隊として土壌を肥やし、その肥沃な環境下でヨーグルト由来の乳酸菌が爆発的に増殖します。近年の腸内細菌叢解析によると、両者を同時に摂取した場合、乳酸菌の生存率および定着率が単体摂取時と比較して約1.5倍から2倍に向上することが確認されています。
さらに見逃せないのが、腸内細菌が食物繊維やオリゴ糖を発酵分解して生み出す「短鎖脂肪酸（酢酸・プロピオン酸・酪酸）」の産生促進です。短鎖脂肪酸は腸壁のバリア機能を高め、全身の慢性炎症を抑えるとともに、エネルギー代謝を活性化させて脂肪蓄積を防ぐ働きを担っています。納豆が誇る水溶性・不溶性食物繊維とヨーグルトの発酵産物が融合することで、腸内はまさに善玉菌の理想郷へと変貌を遂げます。
