客室のドアをくぐると、内装デザインにもJR北海道ならではの細やかなこだわりが息づいています。E5系とH5系の車内インテリアは、明確なコンセプトの違いによって差別化されています。
H5系の普通車に足を踏み入れると、まず目に飛び込んでくるのが通路の床面デザインです。H5系の床には「雪の結晶」をあしらったグラデーションパターンが施されており、座席のモケット（布地）は流氷を連想させるブルーグレーと温かみのあるファブリックで構成されています。さらに、窓のロールブラインドには縄文土器やアイヌ文様をモチーフにした繊細な幾何学柄が織り込まれており、旅情をそそる演出が随所に散りばめられています。
一方、グリーン車や最上位クラスである「グランクラス」においても細かな差異が見られます。H5系のグリーン車は、北海道の乳製品や豊かな小麦畑をイメージしたミルキーベージュの壁面と、夜のオホーツク海を思わせる深みのあるカーペットが敷かれ、落ち着きのある上質空間に仕立てられています。
また、ビジネスパーソンや旅行者にとって重要な「電源コンセント」の配置にも歴史的な経緯があります。2016年の北海道新幹線開業に合わせて登場したH5系は、初期製造時から普通車を含めた「全座席（肘掛け下または前席背面）にコンセントを完備」していました。対して、2011年に先行デビューしたE5系の初期編成（U1〜U28編成など）は窓側席と客室端部席のみの設置でした。現在ではE5系も増備車（U29編成以降）の登場や大規模改修によって全席コンセント化が進みましたが、「最初から全席標準装備だった」という先進性はH5系が持つ大きなアドバンテージでした。
