日本初の宇宙飛行士として知られる毛利衛氏が名誉館長を務める本館には、同氏の「科学を身近に、そして楽しく学ぶ」という哲学が息づいている。館内には見るだけでなく、実際に手で触れて動かせる体験装置が数多く設置されており、遊びながら科学の法則を学べる工夫が凝らされている。
近年世界中で注目を集めるSTEM教育（科学・技術・工学・数学）の拠点としても、宮崎科学技術館は重要な役割を果たしている。プログラミング教室やワークショップが定期的に開催されており、次世代を担う子どもたちが自ら問いを立て、実験し、発見する喜びを体感できる場となっている。
