当初目標として掲げられていた「2027年開業」の断念が公に示されて以降、2026年現在の報道現場において最大の焦点となっているのが、南アルプストンネル静岡工区（約8.9km）を巡る問題の着地点です。
なぜ、わずか8.9kmの工区が国家的一大プロジェクト全体のボトルネックとなってしまったのか。その核心は、大井川の「水資源問題」と南アルプスユネスコエコパークの「自然環境保全」にあります。大井川は静岡県中流域・下流域に暮らす約60万人以上の住民の命の水であり、製紙業や茶業など地域基盤産業の生命線です。トンネル掘削によって断層帯から大量の地下水が山梨県側や長野県側へ流出し、大井川の流量が恒常的に減少するのではないかという強い危機感が、静岡県および流域10市町側の絶対譲れない防衛ラインとなりました。
前静岡県知事時代には議論が激しく膠着し、国土交通省の有識者会議が「トンネル湧水の全量を大井川に戻す対策を講じれば中下流域の水量への影響は極めて小さい」とする報告書をまとめた後も、実効性のある担保措置を巡って対立が長期化しました。しかし、知事交代と2024〜2025年にわたる協議枠組みの再構築を経て、2026年現在は極めて具体的かつ科学的なリスク低減策の実装フェーズへと移行しています。
JR東海側が提示した「田代ダム取水抑制案」（東京電力が発電用に取水している水をトンネル湧水分と同量だけ大井川へ放流して相殺する方策）の合意形成が進み、環境モニタリング体制の第三者検証機関の設置が具体化しました。一方で、一度失われた生態系や南アルプス特有の地下水脈への影響を完全にゼロにすることは地質学的に不可能であるとする慎重論も依然として存在します。
静岡工区の本格着工から貫通・軌道敷設・試験走行までには約10年の歳月を要すると試算されており、品川〜名古屋間の現実的な開業ターゲットは「2034年以降」の地平へと再設定されています。2026年現在のJR東海は、山梨実験線での営業仕様車のさらなる熟成を進めつつ、神奈川県・山梨県・長野県・岐阜県・愛知県における駅舎および地上明かり部・トンネル土木工事を先行して9割以上完成させるという、極めて変則的な「工区別先行整備戦略」をとっています。
