安全確保と血抜きを終えたら、いよいよ解体の核心であるマゴチの三枚おろし手順とコチのエラ・内臓の取り方へと進む。アジやタイのような側扁形（左右に平たい魚体）と異なり、コチは縦扁形（上から押しつぶされた平たい魚体）という特殊な構造を持つ。一般的な三枚おろしの感覚で刃を立てると、背骨に身がごっそり残って大失敗に終わる。
最初の手順は内臓の処理だ。胸ビレの後ろから包丁を斜めに入れ、腹を裂く。エラ蓋を開けてエラの付け根上下を切り離し、包丁の先で内臓ごと一気に手前へ引き抜く。このとき、深緑色をした胆のう（苦玉）を絶対に破いてはならない。万一潰すと強烈な苦味が身や肝に移り、修復不能となる。内臓を取り出したら、背骨に沿って走る赤黒い血合い（腎臓）の膜を爪楊枝やササラで破り、冷水で歯ブラシなどを用いて完全に掻き出して水気を拭き取る。
次に頭部を落とす。胸ビレと腹ビレの際を結ぶように包丁をV字に入れ、背骨の関節を探り当てて一気に断ち切る。いよいよ三枚おろしだが、ここでの合言葉は「包丁を水平近くまで寝かせる」ことだ。
背側から刃を入れる際、平らな背骨の表面を包丁の切っ先でカリカリと擦る音を感じながら、中骨まで刃を進める。腹側からも同様に、水平に刃を滑らせて中骨に到達させる。尾の付け根に刃を貫通させ、背骨の上を滑らせるようにして片身を切り離す。もう片面も同様に行うが、コチは背骨が幅広いため、中央の骨の山を越える際に刃角度を微調整することが身を無駄に削らない秘訣となる。
おろした身の中央には、頭側から尾の半分付近まで強固なY字型血合い骨が斜め前方に突き刺さるように並んでいる。この骨は通常の骨抜きで引っ張っても途中で折れやすく、身を破壊しやすい。プロの現場では、血合い骨の左右に薄く切れ目を入れ、骨ごと細長く帯状にすき取る「血合い骨の節落とし」を行うのが最も確実で美しい仕上がりを生む。
