プライベートにおいて世間を大いに沸かせたのが、2023年2月23日（富士山の日）に発表された結婚報道でした。生涯のパートナーとなったのは、体操男子日本代表などのトレーナーを務める森田敦士（もりた あつし）氏です。
ふたりの出会いは日本体育大学在学中に遡ります。同級生として切磋琢磨するなかで自然と距離が縮まり、交際期間は実に約6年半に及びました。アスリートとして過酷な体重管理や怪我のプレッシャーに直面していた現役時代の村上さんを、身体・精神両面から専属トレーナーに近い立場で献身的に支え続けたのが森田氏でした。自身のSNSで村上さんは「体操を引退してから、より多くの時間を一緒に過ごす中で、これからの人生もずっと共に歩んでいきたいと強く思いました」と心境を明かしています。
なお、ネット上で頻繁に検索される「村上茉愛 子供」というキーワードについて事実関係を検証すると、2026年現在において妊娠や出産に関する公式発表は一切なされていません。夫婦ともにそれぞれの専門分野で多忙な日々を送っており、現時点では互いのキャリアを尊重しながら充実した新婚生活を築いていることが取材証言からも確認されています。
