朝顔は直根性（主根が地中深くまっすぐ伸びる性質）を持つため、根が傷つくと著しく生育が衰えます。そのため、苗床からの移植を避けてプランターや鉢に直接まく（直まき）か、移植する場合は根鉢を崩さない「ジフィーポット（生分解性ポット）」を使用するのが鉄則です。
健やかな根張りを支える朝顔用土の作り方としては、通気性・保水性・排水性のバランスが取れた配合が求められます。市販の草花用培養土を使用する場合は、水はけを補強するために「赤玉土（小粒）を1割〜2割」混ぜ合わせると根腐れ防止に効果的です。自家配合を行う場合の黄金比率は「赤玉土（小粒）6：腐葉土3：バーミキュライト1」に緩効性化成肥料（マグァンプKなど）を適量加えたブレンドが最適です。
また、朝顔種まきの深さは発芽後の自立と根系の安定に直結します。朝顔は光を嫌う「嫌光性種子（けんこうせいしゅし）」に近い性質を持つため、浅すぎると乾燥や光で発芽不良を起こし、深すぎると芽が地表に出る前に力尽きます。深さ1.5cm〜2cm（指の第一関節程度）の穴を掘り、種子の丸い背を上、平らな発芽点を下に向けて配置し、しっかりと土を被せて軽く鎮圧します。
