大学付属校を選ぶ最大の動機となるのが、系列大学への進学ルートです。法政大学第二高校の内部進学率は例年約85％から90％強を推移しており、卒業生の大部分が法政大学への進学権を獲得しています。国公立大学や法政大学にない系統（医学部・獣医学部など）を受験する一部の他大進学組を除けば、基本的にはほぼ全員が大学進学を果たす仕組みです。
しかし、保護者や受験生が見落としてはならないのが「法政大学の推薦基準」と「学部選択の競争」です。法政大学への推薦枠は全学部均等に配分されているわけではなく、法学部、経済学部、経営学部、グローバル教養学部（GIS）、情報科学部、理工学部など、各学部・学科に定員枠が設けられています。
内部進学の選考基準となる要素は、主に以下の3点に集約されます。
- 3年間の高校総合成績（評定平均）：定期試験や提出物、日々の平常点が厳密に累積評価されます。
- 英語資格試験のスコア：TOEIC Bridgeや英検など、一定基準以上のスコア取得が推薦権利の必須要件となります。
- 基礎的学力確認テスト：高校内で実施される実力試験の成績が学内選抜で加味されます。
現場の生徒たちの証言によると、「付属校だから遊べる」と高をくくっていると、高校2年生の終わり頃に痛い目を見ることになります。成績上位者から順に希望学部の選択枠が埋まるため、人気学部や資格取得に強い学部を目指す生徒たちは、定期試験ごとに激しい点数争いを繰り広げています。法政大学第二高校の進学実績（2026年最新動向）においても、着実に上位層をキープした生徒が希望通りの進路を勝ち取っています。
