SNS上では「恐ろしい怪物」として面白おかしく消費されがちな金冠オオコウモリですが、現実の彼らは深刻な絶滅の危機に瀕しています。
国際自然保護連合（IUCN）のレッドリストにおいて、金冠オオコウモリは「絶滅危惧種（Endangered / EN）」に指定されています。かつてはフィリピン全土の原生林に数十万頭規模のコロニーが存在していましたが、過去数十年間で個体数が急激に減少しました。
激減の主因は、急速な森林伐採による生息地の喪失と、肉や薬用を目的とした違法な密猟（ブッシュミート）です。オオコウモリは1年に1頭しか子どもを産まないため、一度数が減ると個体群の回復に極めて長い年月を要します。現在では、フィリピン政府や国際的な自然保護団体による保護区の設定、エコツーリズムを通じた地域住民への保全啓発活動が強化されています。
