大分県別府市および周辺自治体の急性期医療を牽引する独立行政法人国立病院機構 別府医療センターは、国の医療機能分化方針に基づく「地域医療支援病院」に指定されています。そのため、地域のクリニックや一般診療所と役割分担を行っており、受診の流れには明確なルールが存在します。
初めて受診する場合、最もスムーズなのはかかりつけ医から紹介状（診療情報提供書）を発行してもらい、医療機関経由で初診予約（地域医療連携予約）を取得するルートです。この手順を踏むことで、受診当日のカルテ作成や手続きが大幅に簡略化され、外来での待ち時間を最小限に抑えられます。
一方で、紹介状なしで直接来院して初診を受けることも制度上は可能ですが、国が定めた「初診時選定療養費」として、通常の保険診療自己負担分とは別に7,700円（税込）の一律自己負担が発生します。この追加費用は、大病院への外来患者集中を防ぎ、高度専門医療が必要な患者へリソースを優先配分するための公的制度です。急を要さない慢性疾患や軽微な体調不良である場合は、まずは身近なかかりつけ医を受診することが経済的にも合理的といえます。
また、外来診療受付時間は平日の午前8時30分から午前11時までが基本枠となっています（診療科や予約状況により異なる場合があります）。再来患者は自動再来受付機でのチェックインが可能ですが、紹介状を持参する初診患者は総合案内・初診受付窓口での確認手続きが必要となるため、受付開始直後の早い時間帯に到着しておくことが鉄則です。
