客室の構成は、機能性を極限まで追求したレイアウトが特徴です。特に子連れ世帯や学生グループから絶大な人気を誇るのが、イビススタイルズ東京ベイの2段ベッド付きファミリールームです。下段にワイドなダブルベッドまたはツイン、上段にしっかりとした構造の2段ベッドを備え、大人3〜4名でも1部屋で快適に滞在できます。限られた専有面積（約18〜23平米）を立体的に活用しており、子どもにとっては秘密基地のようなワクワク感を味わえる設計です。
パークで1日中歩き回った足を癒やす設備として、宿泊者の満足度を押し上げているのが地下1階にあるイビススタイルズ東京ベイの大浴場です。シンプルで清潔感のある浴槽には適温の湯が張られ、深夜25時まで営業しているため、夜の閉園まで遊び尽くしてからでもゆったりと入浴できます。客室のユニットバスでは味わえない手足を伸ばせる開放感は、翌日の疲労回復に直結します。
なお、滞在時の持ち物を左右するイビススタイルズ東京ベイのアメニティやパジャマについては、近年の環境配慮型方針が反映されています。歯ブラシやカミソリなどの使い捨て備品はロビーのアメニティバーから必要な分だけピックアップするスタイルで、室内着（ナイトウェア）は着心地の良いワンピースタイプのガウンが標準装備されています。上下セパレートのパジャマを好む方や子どもの寝相が気になる方は、普段使いのルームウェアを持参するのが確実です。多くのイビススタイルズ東京ベイの宿泊記ブログでも、寝間着の仕様や基礎化粧品の有無に関するアドバイスが共有されています。
