シーシェパードの黄金期は長くは続きませんでした。2019年に日本がIWC（国際捕鯨委員会）を正式に脱退し、南極海での調査捕鯨を終了して日本の領海・EEZ内での商業捕鯨へと舵を切ったことで、彼らは最大の「敵」と活動名分を失いました。
日本の領海内では海上保安庁による厳格な警備が行われるため、南極海のような無法地帯まがいの妨害工作は不可能です。戦場を失ったシーシェパード内部では、活動方針を巡る深刻な対立が表面化しました。
2022年、理事会は過激な直接行動から脱却し、アフリカ沿岸諸国などと提携して違法操業漁船を取り締まる「法執行支援型」への転換を決定。これに激怒した創設者のポール・ワトソンは理事会と全面衝突し、自らが作った組織から事実上追放される事態に陥りました。ワトソンはその後、私兵組織に近い「キャプテン・ポール・ワトソン財団」を立ち上げ、団体は完全に分裂したのです。
そして2024年7月、追放されたワトソンに最大の司法リスクが直撃します。新たな抗議船で日本の新捕鯨母船「関鯨丸」を妨害するため北太平洋へ向かう途中、給油のために寄港したデンマーク自治領グリーンランドのヌーク港で、地元警察に身柄を拘束・逮捕されました。
逮捕理由は、2010年の第2昭南丸事件において日本政府（海上保安庁）が傷害や艦船侵入容疑で国際刑事警察機構（ICPO）を通じて出していた国際手配（赤色手配書）に基づくものでした。かつて英雄視された過激派リーダーは、自らが犯した過去の違法行為によって、国際司法の裁きを受ける立場へと追い詰められています。
