立川市柴崎町の住宅街と多摩川の自然に隣接する総本部は、周辺の環境と調和した閑静な空間が広がっています。敷地内には複数の主要建築が配置され、信徒にとって信仰の原点として大切に守られています。
敷地の中心に鎮座する「真澄寺本堂」には、開祖自らが彫刻した本尊・久遠常住釈迦牟尼如来（くおんじょうじゅうしゃかむににょらい）が安置されています。また、境内でひときわ重要な役割を果たしているのが真如苑 友心院です。友心院は、教団の基盤を築いた伊藤友司（法名：摂受心院）の徳を称え、社会貢献活動や文化発信、教化活動の拠点として整備された施設です。
開門時間はおおむね朝から夕刻まで設定されており、朝夕のお勤めや瞑想（法要・瞑想修行）の時間に合わせて信徒が静かに参拝しています。境内は常に清掃が行き届き、整然とした静寂が保たれている点も特徴的です。
