銀杏中毒の症状は、摂取してからおよそ1〜12時間以内（多くは1〜4時間前後）に急速に現れます。典型的な経過は以下の2段階で進行します。
初期段階では、まず消化器系および自律神経の異常として激しい嘔吐、悪心、腹痛、下痢が突発的に起こります。同時に、顔面蒼白、めまい、手足の震え、不穏状態（落ち着きがなくなる症状）が見られるのが特徴です。
その後、中毒が神経系に及ぶと第2段階へ移行し、突然の全身性強直間代性けいれん（手足を突っ張りガクガクと震わせる発作）や意識喪失、呼吸困難へと発展します。発作は一度きりで終わらず、何度も繰り返すケースが珍しくありません。発熱を伴うことも多く、単なる胃腸炎や風邪の熱性痙攣と誤認されやすいため、直前の銀杏摂取歴を把握しておくことが極めて重要です。
