味の笛 本店を訪れる際、初心者が最も戸惑いやすいのが階層ごとに異なる注文システムと店内ルールです。店の扉を開けると、1階と2階で明確に利用形態が分かれているため、自分の飲酒スタイルに合わせたフロア選択が重要になります。
1階は活気あふれる完全立ち飲みフロアです。入店したらまず空いている立ち位置（カウンターまたは立ち飲みテーブル）を確保するか、そのままカウンター奥の注文レーンへ進みます。1階の決済方式は完全なキャッシュオンデリバリー（都度払い・現金または対応電子決済）です。トレイを取り、冷蔵ショーケースに並ぶ小鉢や鮮魚刺身、スピードメニューの中から好みのものを自分でトレイに乗せていきます。
焼き魚や揚げ物、焼き鳥といった温かい料理は、カウンター奥の厨房口で口頭注文し、代金を支払って引き換えの番号札を受け取るか、その場で仕上げを受け取る形式です。店内にはセルフサービスの電子レンジが設置されており、冷めた焼き物を好みの温度に温め直せる点も常連にはおなじみの光景となっています。ドリンク類もカウンターの専用口で口頭注文し、グラスと引き換えに代金を支払います。
一方、階段を上がった2階はテーブル席中心の座り飲みフロアとなっています。仕事帰りに同僚とじっくり語り合いたい場合や、足を休めて落ち着いて飲みたい客層向けに設計されています。2階は伝票によるテーブル会計が導入されており、着席してゆっくり注文できる反面、1階特有の「呑兵衛同士の阿吽の呼吸」やサクッと1杯で切り上げるテンポ感とは趣が異なります。また、退店時には空いたグラスやお皿を所定の返却口へ下げるのが店内の暗黙のルールとなっており、このセルフマナーの徹底が驚異的な低価格を支えています。
