土日や夏休みなどの大型連休における高崎市少年科学館の混雑状況は、午前10時30分から午後14時頃にかけてピークを迎えます。特に人気の体験型展示や実験コーナーには列ができることも珍しくありません。
混雑を回避してゆったり遊ぶなら、開館直後の9時台か、ランチ客が一巡した14時30分以降の夕方枠が穴場の時間帯です。
一般的な高崎市少年科学館の所要時間は、展示室の見学だけであれば約1時間から1時間半程度です。プラネタリウムの鑑賞（約45分）やミニ実験、後述のワークショップまでじっくり満喫する場合は、全体で2時間半〜3時間程度を見積もっておくと余裕を持って楽しめます。
