曜日選びも錦市場観光において見落とせないポイントです。市場全体として決まった休業日は設けられていませんが、古くからの慣習により水曜日や日曜日に定休日を設定している個人商店が目立ちます。
特に中央卸売市場が休業となる水曜日は、鮮魚を扱う店舗や伝統的な京野菜・漬物店などが一斉にシャッターを下ろす傾向があります。近年は年中無休で営業するスイーツ店やテイクアウト専門店も増えているため、「水曜日に行くと全滅する」というわけではありませんが、歴史ある老舗の味や市場本来の活気を味わいたいなら、木曜日・金曜日・土曜日の訪問が最も適しています。