騒動の根底にあったのは、加工野菜の調達過程における衛生リスクだった。問題となった「ピリ辛ごまあえぶっかけうどん」に使用されていた生野菜（粉砕野菜）の保管・輸送フェーズにおいて、温度管理や密閉性に不備が生じていたことが判明している。
管轄の保健所による現地調査と詳細な検査の結果、店舗側の調理機器や水質そのものが直接の汚染源ではないことが特定された。しかし、一次加工工場から店舗へ至るサプライチェーンのどこかでカビ胞子の付着・繁殖を許す環境が形成されていたという事実は重い。保健所からは、原材料の受け入れ検品手順の見直しおよび保管温度の徹底管理に関する行政指導が行われた。
カビは目視が難しい初期段階で混入したと見られ、カップの形状が深く底部の視認性が低かったことも発見の遅れにつながった。一連の調査結果を受け、企業側は自社内にとどまらず取引先工場を含めた監査体制の抜本的見直しを迫られたのである。
