丸亀製麺の持ち帰りを利用する上で、まず把握しておくべき大原則が容器代の発生条件です。店頭や公式アナウンスでも明記されている通り、うどん各種および丼メニューを持ち帰る場合、商品1杯につき容器代40円（税込）が商品価格に加算されます。例えば「かけうどん（並）」や「ぶっかけうどん（並）」を3杯テイクアウトした場合、うどん代金に加えて120円の容器代が発生する計算です。
一方で、追加の容器代が一切かからない例外カテゴリーが存在します。それが「丸亀うどん弁当」と「天ぷら単品の持ち帰り」です。うどん弁当はあらかじめ容器代を含んだ総額表示となっており、天ぷら各種も専用の持ち帰り用ボックス（天ぷら箱）や紙袋を無料で利用できるため、余計な手数料は発生しません。
持ち帰り可能な丸亀製麺の持ち帰りメニューは非常に充実しており、かけ、ぶっかけ、釜玉風の各種うどんや季節限定のフェア商品、いなり、おむすびまで幅広く網羅されています。しかし、すべての店内メニューが持ち帰りできるわけではありません。
特に注意したいのが「持ち帰りできないメニュー」の存在です。丸亀製麺の代名詞とも言える「釜揚げうどん」は、桶に入った釜湯とともに提供することで独自のモチモチ感と小麦の香りを味わう設計となっているため、品質保持の観点からテイクアウト対象外に指定されています。また、生卵を使用する一部のメニューや、スープの温度管理がシビアな一部の極上だしメニューも持ち帰りが制限されるケースがあるため、事前の確認が欠かせません。
