閃輝暗点の発生源は目（眼球）そのものではなく、後頭部にある大脳の「視覚野」にあります。視覚情報を司る後頭葉の血管が何らかの刺激によって一時的に痙攣（けいれん）を起こして収縮し、血流が一時的に低下することで視覚異常が発生します。その後、収縮した血管が一気に拡張する際、周囲の三叉神経を刺激して激しい拍動性の頭痛（片頭痛）を引き起こすという仕組みです。
この血管反応の引き金となる一次要因として、専門医は以下の日常的トリガーを指摘しています。
特に多いのが「過度なストレスから解放された瞬間」の発症です。平日の緊張状態が解けた週末の朝や、大きな仕事を終えた直後に血管の緊張が緩み、閃輝暗点が誘発されるケースが目立ちます。さらに、長時間のPC・スマートフォン操作による眼精疲労、睡眠不足、カフェインの過剰摂取や急激な離脱、チラミンを多く含む食品（赤ワイン、熟成チーズ、チョコレートなど）の摂取も血管の急激な収縮・拡張を促す因子として知られています。
