長崎水産食堂へ向かう際、最も注意すべきなのが営業時間と市場特有のカレンダーです。一般的な飲食店感覚で足を運ぶと、思わぬ空振りを喫するリスクがあります。
食堂の基本営業時間は朝6:00〜7:00頃から昼14:00頃までとなっています。市場のセリに合わせた朝食営業が行われており、早朝の時間帯は市場関係者で賑わい、11:30〜13:00のランチタイムには一般客や近隣のビジネスパーソンが集中します。
最大の注意点は定休日です。原則として長崎魚市場の休市日（毎週水曜日・日曜日・祝日、年末年始・お盆など）に連動して食堂も休業となるケースが一般的です。「せっかく遠出したのに市場全体が閉まっていた」という事態を避けるためにも、長崎魚市場協同組合などが公開する市場開市日カレンダーを事前に確認しておくことが必須です。
アクセス面では、JR長崎駅周辺の市街地から車で約30〜40分（国道202号線経由）。長崎バスを利用する場合は「魚市場」方面行きに乗車し、「魚市場」または「水産加工団地」バス停で下車します。公共交通機関は本数が限られる時間帯があるため、レンタカーや自家用車での移動が最も効率的です。
