日牟禮八幡宮の御利益としてまず挙がるのが、商売繁盛・家内安全・厄除け・交通安全である。近江八幡は近江商人の発祥地のひとつ。全国で活躍した商人たちが、出発の前にこの社で無事と成功を祈った。その記憶が、現在の参拝者の祈願内容にも色濃く残っている。
祭神のうち主神とされる誉田別尊は応神天皇と同一視され、武運と国家鎮護の神とされる。息長足姫尊は神功皇后、比売神は宗像三女神の一柱とされることが多い。この三柱は八幡神の基本的な構成で、日牟禮八幡宮もその典型から外れない。ただし、先述の和珥氏との関係を踏まえれば、古い在地神の上に八幡神が重なった重層的な構造と見るのが自然だろう。
地元の参拝者は、商売繁盛だけでなく、子どもの成長や家族の健康を祈るという。御利益を過度に限定せず、「土地の守護神としての総合的な加護」を求める意識が根づいている印象だ。