学校選びにおける最大の関心事の一つが、賢明学院高等学校の大学合格実績です。同校の進路指導における最大のアドバンテージは、同じキリスト教主義教育の精神を共有する関西学院大学との教育連携協定にあります。
学校発表の進路実績データによると、毎年関西学院大学をはじめとする関関同立（関西大学・関西学院大学・同志社大学・立命館大学）や産近甲龍（京都産業大学・近畿大学・甲南大学・龍谷大学）への合格者を安定して輩出しています。特筆すべきは、一般一般選抜での自力合格を目指す特進クラスと、連携校推薦・指定校推薦枠を戦略的に活用する進学クラスとのハイブリッドな出口戦略です。
さらに、ニュージーランド短期留学などの国際交流プログラムを長年継続している背景から、関西外国語大学や京都外国語大学といった語学系大学、さらには看護・医療系大学への進学比率が高い点も特徴です。単一の偏差値至上主義ではなく、生徒の個性や志望に応じたきめ細やかな進路開拓が行われている点は、客観的なデータからも高く評価できます。
