両者の本質的な差異を理解する上で、最も根幹となるのが潜水深度と呼吸方法の違いです。海面に浮かんだ状態で楽しむのか、水圧に身を委ねて三次元の海中へ沈降していくのかによって、人間の身体感覚と安全管理の手順は根本から切り替わります。
シュノーケリングは、基本的にライフジャケットやウェットスーツの浮力を利用し、水深0m（水面）に身体を横たえて海中を見下ろすアクティビティです。呼吸は水面上に出した長さ30cm〜40cmほどのパイプ（シュノーケル）を通じて大気中の空気を直接吸入します。肺にかかる外圧は地表とほぼ変わらないため、身体への生理学的負担は極めて小さく、特別なトレーニングを受けずとも直感的に楽しむことが可能です。
これに対し、一般にダイビングと呼ばれる「スキューバダイビング（SCUBA: Self-Contained Underwater Breathing Apparatus）」は、圧縮空気を詰めたタンク（シリンダー）を背負い、レギュレーターと呼ばれる調整器を咥えて海中を自律呼吸しながら進みます。ライセンスを持たない初心者が参加する「体験ダイビング」であっても水深5m〜12m、ライセンス保持者（ファンダイバー）であれば水深18m〜最大40mの世界へ到達します。10m潜るごとに水圧は1気圧ずつ上昇するため、肺胞や中耳腔などの体腔には強い圧力がかかり、環境そのものが日常空間から完全に隔離されます。
また、混同されやすいアクティビティとしてスキンダイビングとの違い 詳細まとめにも触れておく必要があります。スキンダイビング（素潜り）は、重たいタンクを背負わず、マスク・スノーケル・フィンのみを装着して自らの息を止めて数メートル〜十数メートル潜行する技術を指します。浮力体を身につけず意図的に水中に潜るため、水面に留まるシュノーケリングとも、器具で水中呼吸を続けるスキューバダイビングとも異なる、高い肺活量と息止め技術（アプネア）が要求されます。
