一般の利用者が最も両者を混同しやすい場面が、パスポートの発行申請や運転免許証の更新です。特にパスポートの新規発給・更新費用には国と自治体の手数料が混在しているため、正確な金額の内訳を把握しておく必要があります。
例えば、10年用パスポートの申請費用（計16,000円）を納付する場合、国への手数料14,000円分は「収入印紙」で、都道府県への手数料2,000円分は「収入証紙（または窓口でのキャッシュレス決済）」で納める構造になっています。これを合算して「16,000円分の収入印紙」をすべてコンビニ等で購入してしまうと、自治体窓口で証紙分として受理されず、買い直しを求められる典型的なトラブルに発展します。
一方、警察署や運転免許センターで行う運転免許証の更新手数料（優良運転者講習なら3,000円前後）は、基本的に都道府県の公安委員会へ納める手数料となるため、必要なのは「収入証紙（または指定のキャッシュレス決済）」であり、国の収入印紙は使用できません。
