生まれ変わり現象に対しては、当然ながら科学的懐疑論者からの批判も存在します。主要な懐疑的仮説として挙げられるのは以下の3点です。
- 暗黙記憶（クリプトムネシア）：子供が無意識のうちにテレビ、絵本、大人の会話から得た情報を自分の体験として誤認しているという仮説。
- 親の誘導と確証バイアス：我が子の特別な能力を信じたい親が無意識に質問で誘導し、合致する情報だけを記憶して不一致を忘れてしまう心理現象。
- 作話と虚偽記憶（フォールス・メモリー）：幼児特有の豊かな想像力が、大人の反応を見て強化され、あたかも事実であるかのように構築される現象。
しかし、バージニア大学の研究チームはこれらの反論に対しても明確な調査手続きで反証しています。例えば、ジェームズ・ライニンガーのように「軍事機密指定されていた作戦行動記録」や「一般家庭ではアクセス不可能な名簿情報」を2〜3歳の子供が言い当てた事例では、メディアや会話からの偶発的な情報取得は物理的に不可能です。
また、親が調査機関に連絡する前に第三者の研究者が立ち会い、先入観のないオープンクエスチョン（誘導しない質問）で面接を行うプロトコルを採用することで、親のバイアスを最小限に抑える試みが続けられています。
