東京都立小児総合医療センターを受診する上で、最も重要な原則が「かかりつけ医からの紹介状（診療情報提供書）の持参」と「事前予約」です。同センターは国が指定する「地域医療支援病院」および高度小児専門施設であり、地域のクリニックや一般病院との機能分担を前提に設計されています。
初診予約の流れは、原則として地域の医療機関（かかりつけ小児科医など）から同センターの地域医療連携室を通じて予約を取得するルートが基本です。保護者が直接予約専用ダイヤルに電話して初診枠を確保することも一部可能ですが、その際にも必ず手元に医師が作成した紹介状が必要となります。
もし紹介状を持参せずに受診した場合、診療費とは別に国が定めた「特別の料金（保険外併用療養費・選定療養費）」として、初診時数千円から1万円を超える自己負担が発生します。さらに、緊急性を要する重症救急患者を除き、予約のない当日の飛び込み受診は専門外来の体制上、原則として受け付けてもらえないか、極めて長時間の待機を余儀なくされる仕組みになっています。受診を決める際は、まず近隣のかかりつけ医に相談し、適切な紹介状を作成してもらう段取りが必須です。
